南京农业大学植物保护学院是我国最早开展农药登记相关试验的单位之一，1999年获批农业农村部首批农药登记田间药效试验资质单位，2007年获批农药登记室内活性验证性试验资质单位，2010年获批农药登记残留试验资质单位。

2017年，学院整合原有农药登记试验资质相关机构，成立南京农业大学植物保护应用技术中心，并建立农药良好试验规范（GLP/GEP）体系。2019年9月，本中心通过农业农村部农药登记试验单位资质核查，获批农药登记药效试验（杀虫剂、杀菌剂、除草剂）和残留试验资质（农业农村部211号公告）。

中心主体位于南京农业大学理科楼B座，设有样品室、档案室、仪器室、器材室、天平室、前处理室、冷库、办公室、实验室等功能区域，拥有液质联用仪、气质联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、自动定量浓缩系统、高剪切分散乳化机、喷雾塔等农药登记试验所需的仪器设备。中心在南京农业大学白马试验基地建立了稻麦轮作田间药效和农药残留试验基地，同时还采用在盐城、淮安、连云港、高淳等地建立了稻、麦、蔬菜、果树等田间试验基地，保证各类药效试验和残留试验的顺利进行。

中心承接农药登记药效试验（杀虫剂、杀菌剂、除草剂）、田间大区药效试验、残留试验等GEP试验，以及农药室内生物活性测定、抗药性风险评估等非GEP试验。此外，本中心还承担有害生物抗药性监测及治理、农药残留标准制定、农药有效性和安全性评价、农药成分分析及合成工艺、农药应用技术开发及示范、农药应用咨询与培训等方面工作。