农药学是植物保护学科下设的二级学科，是一门与化学、生物学、环境科学等多学科交叉的综合性学科，主要研究方向包括农药化学、农药生物学、农药毒理学、农药制剂加工、农药环境毒理、农药应用技术等。

20世纪50年代以来，南京农业大学一直从事农药毒理学机制与新药剂研发、有害生物抗药性监测与治理技术、农药残留检测与环境毒理的研究，成功研制出灭铃皇、浸种灵等多个具有重要影响力的农药品种，发现β₂微管蛋白、肌球蛋白-5、丝束蛋白等农药新靶标，为保障国家粮食安全做出了突出贡献。沈晋良教授获得全国先进工作者，周明国教授获得光华工程科技奖、中国科协先进工作者、农药行业突出贡献奖等荣誉。

南京农业大学农药学科于1996年和1998年分别获得硕士和博士学位授予点，2000年成立农药科学系，2001年被获评江苏省重点学科，2007年与植物病理学、农业昆虫与害虫防治两个二级学科共同获批植物保护一级国家重点学科。

目前，农药学科建有7个科研团队：

杀菌剂生物学实验室

杀虫剂毒理与抗性研究实验室

除草剂毒理与抗药性实验室

农药残留与环境毒理实验室

杀虫剂药理与神经毒理学实验室

天然产物与农药化学实验室

农药靶标生物学实验室

共有教职工32人，其中教授14人，副教授9人，包括光华工程科技奖获得者1人、国家优青获得者2人、中组部国家级四青人才2人、国家海外青年人才1人、江苏省特聘教授等省部级人才6人，形成了一支梯队结构合理、学术思维活跃的高水平教学科研团队。

学科依托绿色农药创制与应用技术国家地方联合工程研究中心、教育部农作物生物灾害综合治理重点实验室、江苏省农药学重点实验室等国家和省部级科研平台，承担包括国家自然科学基金重点项目、国家科技支撑计划、公益性行业科研专项、国家重点研发计划课题等国家和省部科研项目200余项，在Nature、PNAS、Nat Commun、Angew Chem Int Ed、ACS Appl Mater Inter等本领域重要国际学术刊物发表论文700余篇，获授权国家发明专利66项，国际专利7项。先后获得国家科技进步二等奖4项，其中主持完成2项，省部级科技奖励18项。

学科坚持立德树人根本任务，秉持以国家需求为导向，以创新为引领的人才培养理念，已培养博士112名，硕士357名，在农药相关教学、科研、生产、经营、管理、推广与开发等岗位发挥积极作用，为我国农药行业健康发展做出了重要贡献。同时农药学科还承担全国农作物病虫测报技术培训和农业病虫抗药性监测培训任务，为我国农业有害生物预测预报、抗药性监测和农药合理应用培养了大量基层人才。学科多次组织国内外农药学科教学科研学术会议，包括1993年举办的国际会议“生物技术在杀菌剂抗性研究中的应用”等，在人才培养和科学研究方面建有广泛的国际合作关系。

本学科与农业农村部农药检定所、全国农技推广服务中心等政府机关、国内外企事业单位紧密合作。现有全国农药登记评审委员会专家2人、农业农村部农药抗性专家组和植保专家组成员3人、中国农药发展与应用协会专业委员会主任委员2人。与红太阳集团、苏研农化、先正达、巴斯夫、拜耳等国内外农化企业合作，为企业发展战略提供咨询服务，共建农药研发机构，成功开发了灭铃皇、氰烯菌酯等新农药产品。

学科依托南京农业大学植物保护应用技术中心，拥有农业农村部农药登记田间药效（杀菌剂、杀虫剂、除草剂）和残留试验资质，已完成农药登记试验项目3800余项，长期开展农药新靶标发掘与新农药创制、农业病虫草抗药性监测与治理技术研发、农药室内生物活性测定与配方筛选、农药抗性和安全性风险评估与残留检测技术研发等，为保障我国粮食安全和农药行业健康发展提供重要支撑。